اما نقطه‌ی اوج کارنامه‌اش بی‌تردید «ناخدا خورشید» است؛ اقتباسی از همینگوی که با نبوغ تقوایی به داستانی بومی، پرکشش و ایرانی بدل شد. بازی درخشان داریوش ارجمند و تدوین دقیق خود کارگردان، این فیلم را به یکی از بهترین اقتباس‌های تاریخ سینمای ایران تبدیل کرد.
آخرین فیلمش، «کاغذ بی‌خط»، نیز نشان داد که تقوایی تا پایان عمر هنری‌اش همچنان دغدغه اندیشه و زبان تصویر را دارد. داستان زنی که می‌خواهد از روزمرگی عبور کند، همدلی عمیقی با جهان زنان معاصر داشت و در کنار بازی درخشان خسرو شکیبایی و هدیه تهرانی، تصویری تازه از روابط انسانی در جامعه‌ی شهری ارائه داد.
او پس از آن دیگر فیلمی نساخت، اما با تدریس، نگارش فیلمنامه و مستندهایش بر نسل‌های بعدی تأثیر گذاشت. ناصر تقوایی از معدود فیلمسازانی بود که میان ادبیات و سینما پیوندی واقعی برقرار کرد؛ هنرمندی که شاید کم کار کرد، اما هر اثرش ماندگار شد.
خبر درگذشت او را همسرش مرضیه وفامهر در اینستاگرام اعلام کرد. او در این پست اینستاگرامی نوشت:
ناصر تقوایی
هنرمندی که دشواری آزاده زیستن را برگزید به رهایی رسید.
پروازش را به خاطر بسپاریم.
او عاشق گیاهان بود، به یادش درخت بکاریم.
او عاشق نور بود، شمع خویش را بیافروزیم.
او عاشق جامه‌ی سپید بود، به یادش سپید بپوشیم.
او عاشق ادبیات بود، به یادش بخوانیم.
او عاشق سینما بود، به یادش تماشا کنیم.
یاد او را با نواختن و شنیدن موسیقی، و تماشای هنرها گرامی بداریم نه غیر از این.